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貝瑞十年 | 從委托服務變身學術合作

發布時間:2020-05-22

講述人:
邢世來,貝瑞基因科技服務事業部信息分析人員。
2016年(nian)從中科(ke)院植物研(yan)究(jiu)所博士畢業后入(ru)職貝瑞(rui),一直(zhi)從事生物信息分析工作。在貝瑞(rui),邢世來只是眾多研(yan)究(jiu)人員的(de)一個縮影,他們通(tong)過各種(zhong)測序平(ping)臺(tai),為客(ke)戶提供精準的(de)測序分析服務和(he)啟發性的(de)科(ke)研(yan)建議(yi),協助(zhu)客(ke)戶發表一篇篇學(xue)術文(wen)章、在生命科(ke)學(xue)的(de)前沿(yan)研(yan)究(jiu)方向上走得更(geng)扎實更(geng)遠。

 

2012年,在三元橋曙光里的一棟寫字樓里,中科院植物所的博一學生邢世來因為一個科研項目,正在一家公司做考察。這家叫做貝瑞和康的公司(即貝瑞基因)給他留下了深刻的印象。他沒有想到,四年后會成為其中的一員,更沒有想到,他人生中的第一篇發表在知名期刊上的文章也是在貝瑞這個平臺上實現的。
“因為貝瑞有平臺優勢,在日行千里的基因測序行業,一個與時俱進、不斷更新的平臺太重要了。”邢世來坦言。
與國內眾多中(zhong)科院研究所、三甲醫院、高校合作過多個(ge)項目后,邢世來對這一點更加深信不疑。


合作升級

2016年秋天,農科院作物研究所委托貝瑞提供菜豆研究測序服務,當時的樣本量在200-300份左右。合作項目進行了半年之后,農科院項目組認識到這項研究的重要價值,決定把樣本量增加到700份,并做GWAS分析。由于農科院對半年來的數據質量、分析質量和服務質量都非常滿意,對貝瑞團隊在項目過程中主動提出的有價值的建議和觀點更是認可,所以提議該項目與貝瑞進行深度合作,從單純的商業服務轉變成項目合作。同時提出了一個簡短而不簡單的要求:務必確保國際水平的數據分析!
“這是(shi)同(tong)類(lei)研(yan)(yan)究(jiu)中規模(mo)最大的(de)研(yan)(yan)究(jiu)之一(yi)(yi),合作(zuo)升級是(shi)客(ke)戶對我們(men)專業(ye)度(du)最大的(de)認可。”對邢世來而(er)言,這是(shi)一(yi)(yi)項工作(zuo),更是(shi)一(yi)(yi)次歷練。從數據的(de)精準度(du),到(dao)提(ti)出啟發性(xing)的(de)分(fen)析思路,在他看來,都(dou)能夠為客(ke)戶的(de)科研(yan)(yan)工作(zuo)賦能。


為客戶賦能

為了確保數據的國際水平,團隊主動提出把之前測序過的樣本用最新的測序平臺重新測一遍,因為現在的平臺比2016年的型號更加精準。測序完樣本,項目進入信息分析階段,這是本次合作最關鍵、也是最難的部分。
此次全基因組重測序共獲4.27 Tb測序數據,平均基因組覆蓋率為93.93%,每個樣本平均測序深度為9.25X。“樣本量很大,需要在四百八十萬位點里,過濾掉假陽性,當把700份樣本放一起時,位點缺失率如何控制在合理的范圍,缺失的位點如何填補,填補的準確性又如何?”邢世來說,為了得到高質量的變異,他們嘗試了30多種組合,兩三個參數一組,不斷調試,直到合作雙方都滿意為止。
“因為菜豆種質材料的特殊性,目前還沒有該材料的遺傳轉化體系進行性狀關聯位點的驗證,客觀上要求從更多的科研角度來分析和挖掘數據,為找到的位點增加說服力。為此,邢世來及團隊根據經驗,查閱相關文獻,提出了群體進化的數據分析角度與思路,使得分析結果與性狀關聯分析的結果相得益彰,為整個項目增加了研究的深度和廣度。
數據分析持續(xu)了一年多的(de)時間,基于這些分析數據,客戶的(de)科研項目取得了突破(po)性進展。該(gai)研究(jiu)(jiu)成果在國(guo)際(ji)著名(ming)期刊Nature Genetics上發表,貝瑞的(de)研究(jiu)(jiu)人員邢(xing)世來(lai)和張海(hai)寬也(ye)以作(zuo)者(zhe)身(shen)份在文(wen)章(zhang)中署名(ming)。


因(yin)為專業,貝瑞的(de)科技服務(wu)在(zai)學(xue)術界建立了良好口(kou)碑,也贏得了越(yue)來越(yue)多的(de)客戶(hu)信任。

目(mu)前,貝瑞基因已協助多領(ling)域科(ke)學家在Nature、Science、Cell、Nature Genetics等國際著名期刊(kan)上發(fa)表(biao)文(wen)章100余(yu)篇,影響因子累(lei)計(ji)超過1000。

“希望(wang)能在貝(bei)瑞(rui)基因的平臺(tai)上,為中國的科研出(chu)一份力。”邢世來淡淡地說。貝(bei)瑞(rui)培養了一個優秀(xiu)且年輕的科技服務團(tuan)隊,展現在他們(men)面前的是中國基因測序(xu)行業(ye)的無限發展空(kong)間,以(yi)及將(jiang)先進的平臺(tai)和技術(shu)應用于更廣(guang)泛的學術(shu)研究,推動生命科學快速發展的責任。

 
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